Saint Malo a été fondée au 6ème siècle par Saint MacLow, venu du Pays de Galles, qui s’installa dans la Cité D’Alet, y rejoignant Saint Aaron d’Aleth, moine ermite gallois vivant sur le rocher de Saint Malo qui fut son père spirituel. Il organisa la ville et en fit un évêché.

Au début du Xème siècle après des guerres et invasions régulières, les habitants migrent vers la cité actuelle car sa situation d’ilot permettait une défense plus solide. En 1146, Jean de Chatillon transfère l’évêché sur l’ilot et lance la construction des remparts.

La ville reste sous l’autorité de l’église mais est très convoitée par les Ducs de Bretagne. Le Pape Clément VII finira en 1394 par céder la ville au Roi de France Charles VI en faisant un ilot français au cœur de terres bretonnes. Le Roi de France cédera à son tour la ville au Duc de Bretagne en 1415 pour le remercier de son soutien dans la guerre de Cents Ans.

C’est à cette époque que la ville s’enrichit grâce à ses corsaires profitant de la guerre au point de devenir plus puissante que son nouveau maître. C’est pour assoir leur autorité que les Ducs de Bretagne ont alors lancés la construction de tours imposantes comme le Grand Donjon. La Duchesse Anne devenu Reine de France en 1492 fit édifier la Tour Quic-en-Groigne pour répondre aux grognements des Malouins avec cette réplique : « Qui qu’en groigne, ainsi sera, car tel est mon plaisir ».

La réputation de ses marins et la richesse de ses habitants finirent par influencer le Roi de France et c’est ainsi que Jacques Cartier réussit à convaincre François 1er d’armer deux navires avec lesquels, en cherchant de nouvelles routes vers les Indes, il découvrit le Canada.

En 1589, les Malouins refusent de reconnaitre Henri IV, le protestant, ils prennent d’assaut le Château et proclame leur République avec cette devise : « Ni Breton, ni Français, Malouin suis ». La réconciliation avec la France se fera quatre ans plus tard avec la conversion du Roi.

En octobre 1661, un grand incendie parti du nord de la Grand’Rue détruisit 287 maisons construites en bois, en toit de chaume, attachées les unes aux autres et a menacé de détruire toute la ville. C’est pour conjurer ce risque que des règles de construction strictes furent appliquées avec l’utilisation de pierre de taille extraite directement du Grand Bé.

En 1714, les Malouins reprennent le contrôle de la Compagnie des Indes Orientales, créée en 1664 par Colbert, et ces « Messieurs de Saint Malo » la font prospérer hissant Saint Malo au rang de premier port du royaume.

Louis XIV, impressionné par l’efficacité des marins Malouins, enjôlera ses Corsaires avec Duguay-Trouin à leur tête lors de ses nombreuses guerres sur les mers.

En 25 ans, les Corsaires Malouins capturèrent plus de 260 vaisseaux de guerre et 3380 navires marchands.

En 1733, l’intra-muros est relié à la côte par du granit et la ville perd ainsi son aspect insulaire.

De la jeune République Française de 1789 à l’Empire sous Bonaparte, les Corsaires Malouins avec Surcouf sont actifs pour assoir l’autorité du régime et rompre les blocus maritimes.

Les périodes qui suivirent furent marqués par la paix et le retour au calme. Faute de nouveaux challenges maritimes, Saint Malo s’enfonce dans le souvenir de son passé glorieux, son activité décline et la ville se tourne vers la pêche à la morue sur les bancs de Terre-Neuve.

Le tourisme commence à se développer au XIX ème siècle avec la venue de parisiens, d’anglais et même de russes qui construisent de riches villas, un casino, des thermes faisant de la Côte d’Emeraude le plus important site touristique après la Côte d’Azur. C’est la grande période des Bains qui débuta en 1838.

En août 1944, la ville fut presque entièrement détruite par des bombardements de l’armée américaine voulant y déloger une garnison allemande estimée à 1000 soldats. La garnison n’était en fait que de 83 hommes et les renseignements erronés : une version des événements relaterait une omission dans la transmission des ordres avec le seul mot Cité au lieu de Cité d’Alet, forteresse voisine de défense allemande réellement visée.

Elle fut reconstruite presque à l’identique dès 1947 avec une forte contribution financière du Québec. La reconstruction s'achève en 1972, avec la pose du clocher de la cathédrale.

Le 26 octobre 1967, un décret officialise la fusion des villes de Saint-Malo, Paramé et Saint-Servan : le Grand Saint Malo est né.